在国家防治大气污染，取缔燃煤锅炉形势下，对替代燃煤的几种燃料的优劣性进行了对比，经过综合分析，生物燃料在实用性，环保性和经济性中在各种清洁能源中占有很大的优势，具体对比分析如下：
实用性，改造便捷
   生物燃料锅炉可以在现有的燃煤锅炉基础上直接进行改造，并加装相应大小的生物燃料燃烧机和控制系统，对锅炉本体进行一些简单的技术处理，快捷方便，不会对用户的生产生活造成影响。
燃料供应充足
    甲醇燃料是生物燃料的一种，是目前政府大力推广的环保洁净能源；生物燃料来源广泛——既可来源于石化燃料（如煤、石油、天然气可以生产甲醇），又可以由生物质发酵生产。目前我国生物燃料产能丰富，目前华北市场供过于求，在燃料的供给方面比天然气有着巨大的优势。
安全性高
   生物燃料属于液体燃料，相对于天然气、液化气等，易运输和储存，使用中安全性较高。
环保性
    生物燃料是国际上公认的清洁燃料。生物燃料的燃烧排放物是水和二氧化碳，完全符合国家出台的“防治大气污染条例”中排放标准。