生物燃料的环境效益主要体现在以下几方面：

　　1、生物燃料代替煤等常规能源，能减少大气污染物的排放量，有效改善城乡空气环境质量。生物燃料中硫的含量不到煤炭的1/10，其替代煤燃烧能有效地减少大气中二氧化硫的排放量;由于生物质在燃烧过程中排出的CO2与其生长过程中光合作用中所吸收的一样多，所以从循环利用的角度看，生物燃烧对空气的CO2的净排放为零。

　　2、燃烧后的固体废物可综合利用

　　灰分可以回收做钾肥，实现“秸秆—燃料—肥料”的有效循环。

　　3、合理处理废弃的农作物，降低对环境的影响

　　仅秸秆而言，我国每年农作物秸秆产重约为7.06亿千吨。若秸秆等废弃的农作物自然腐烂，将产生大量的甲烷，通常认为甲烷气体的温室效应是二氧化碳的21倍。将废弃的农作物做成燃料，既变废为宝，节约资源，又可减排温室气体，保护环境。